卫生间虽小，却在家居风水布局中占据重要地位，其布局是否得当，对居住者的运势、健康有着潜移默化的影响。合理的卫生间风水布局，能巧妙化解秽气，营造良好的家居气场，为家庭带来和谐与安宁。
卫生间不宜位于居室中心，因为住宅中心如同人的心脏，是住宅的重心所在。若卫生间在中心，秽气易对流至其他房间，导致居住者吸入大量秽气，增加患病风险。中心位置采光通常不佳，卫生间水多潮湿，空气闷热易滋生细菌。卫生间也不宜设在住宅的四正线和四隅线上，尤其要避开吉位，否则会破坏室内好风水，最好设置在相对隐蔽的角落。
座便器的位置应以隐蔽为宜。若卫生间空间较大，可将马桶安排在从浴室门口望不到的地方，如隐于矮墙、屏风或布帘之后，且从镜子内也看不到为宜。平时尽量闭合马桶盖，避免马桶处于暴露状态，减少秽气外泄。马桶不要正对卫浴间的门，也不要与镜子正对，防止秽气直冲，影响居住者健康和运势。
卫生间五行属水，颜色选择上，属金的白色及属水的黑色、蓝色较为合适，这些颜色高雅且能营造安宁静谧的氛围。淡绿色、淡黄色、淡蓝色、乳白色等清爽自在的色调，也适合用于卫生间，能给人舒适之感。应避免使用大红色等刺眼色彩，以免令如厕者产生烦躁心理，破坏卫生间气场。
可在卫生间摆放绿植来化解秽气。但由于卫生间湿气大、冷暖温差大，需选择耐阴植物，如蕨类植物、垂植、黄金葛等。若卫生间宽敞明亮且有空调，还可增植观叶凤梨、竹芋、蕙兰等较艳丽的植物，增添自然情趣，净化空气。
卫生间一定要保持干燥、通风，可安装换气扇，有窗户的要保持窗户常开，及时排出秽气、湿气，防止细菌滋生。可在卫生间放置一小碟食盐，借助食盐化解厕所秽气。卫生间的地面不要高于客厅，也不宜在主人房里设卫浴间，卫生间数量也不宜过多，否则易引发口舌是非，影响家庭和谐。